来自杜伦大学、雅盖隆大学(波兰)和约翰英纳斯中心的研究人员在理解DNA回转酶方面取得了突破,这是一种重要的细菌酶和关键的抗生素靶点。
这种酶存在于细菌中,但在人类中不存在,它在DNA的超盘绕中起着至关重要的作用,这是细菌生存的必要过程。
利用高分辨率冷冻电子显微镜,研究人员揭示了gyrase对DNA作用的前所未有的细节,可能为针对耐药细菌的新抗生素疗法打开大门。
这项研究发表在美国国家科学院院刊(PNAS)上。
DNA回转酶就像一个微小的分子机器,小心地扭曲和稳定细菌的DNA。这种扭曲,被称为超缠绕,类似于缠绕橡皮筋:当它扭曲时,它会越来越紧。
与释放后会散开的条带不同,DNA回转酶稳定了DNA的扭曲形式,使其对细菌起作用。
这种酶将DNA包裹成一个“八字形”的环,然后精确地断裂,让DNA链相互穿过,之后再重新密封。这是一个微妙的过程——如果DNA一直被破坏,对细菌来说是致命的。
氟喹诺酮类药物等抗生素通过阻止DNA重新密封来利用这种脆弱性,从而杀死细菌细胞。然而,对这些抗生素的耐药性正在增长,因此迫切需要更深入地了解gyrase的功能。
利用最先进的低温电子显微镜,研究小组捕捉到了gyrase工作的快照,揭示了它是如何通过伸出的蛋白质臂包裹DNA形成八字形状的。
这一发现更新了几十年来人们对旋转机制的传统看法。这些图像显示,这种酶是一个高度协调的多部分系统,每一部分都以精确的顺序移动,以实现DNA的超盘绕。
杜伦大学的合著者Jonathan Heddle教授在反思研究结果时说:“结果表明,在超缠绕过程中,酶的复杂运动部分的确切位置和顺序与我们之前认为的不太一样,这可能会影响我们设计新抑制剂的方式。”
这一发现不仅提高了我们对细菌生物学的认识,而且为设计新的抗生素提供了希望,这些抗生素可以绕过现有的耐药机制,以更有针对性的方式阻断gyrase。
有了这个高分辨率的结构作为指导,研究人员的目标是在不同阶段对酶进行额外的快照,建立一个螺旋酶如何工作的分子电影。
这种详细的方法可以帮助开发下一代抗生素,更精确、更有效地阻止细菌感染。