肠道微生物群在调节人体免疫力方面起着至关重要的作用。此前有研究报道，抗生素诱导的微生物群扰动会影响流感疫苗反应，具体情况取决于预先存在的免疫水平。在此，研究人员采用系统生物学方法，分析了抗生素给药对人体狂犬病疫苗初次和二次免疫反应的影响。抗生素给药降低了肠道细菌载量，共生菌多样性长期减少。这种改变与狂犬病特异性体液反应降低有关。多组学分析表明，抗生素给药会在疫苗接种后早期诱导（1）增强的促炎信号；（2）疫苗特异性辅助性 T 细胞 1（Th1）与滤泡辅助性 T 细胞（Tfh）反应的平衡向 Th1 表型转变；（3）血液中代谢物，尤其是二次胆汁酸发生显著变化。通过整合多组学数据集，研究人员构建了一个多尺度、多反应网络，揭示了关键调控节点，包括微生物群、二次胆汁酸和对疫苗的体液免疫。