为填补这一研究空白，法国多个研究机构（如巴黎公共医院集团、斯特拉斯堡大学等）联合德国、加拿大、英国等多国研究团队开展了相关研究。研究团队聚焦于主要剪接体的 U4 和 U5 snRNA 编码基因，利用大规模基因组测序数据，结合国际多中心病例，系统分析了 snRNA 基因变异与 NDD 的关系。该研究成果发表在《Nature Genetics》，为 NDD 的分子诊断和机制研究提供了关键 insights。
研究主要采用了以下关键技术方法：首先，对法国 PFMG2025 队列的 23,649 例罕见病患者（含 15,073 例 NDD 患者）进行全基因组测序，筛查 50 个 snRNA 基因的新生变异和罕见变异；其次，通过国际协作收集额外病例，扩大样本量；然后，运用 RNA 测序（RNA-seq）分析变异对剪接的影响，结合 DNA 甲基化分析探索表观特征；最后，通过结构分析和临床数据整合，明确基因型与表型的关联。
研究在 RNU4-2 基因中鉴定出 145 例（可能）致病性变异携带者，变异主要为新生突变，且 71% 为 n.64_65insT 插入突变，这些变异聚集于 U4 snRNA 的保守区域，如茎 III（stem III）和 T 环 / 准假结（T-loop/quasi-pseudoknot）结构。临床分析显示，变异位置与表型严重程度相关：T 环区域变异多导致严重 NDD，表现为宫内生长受限（IUGR）、脑室扩大、严重智力障碍（ID）等；而茎 III 区域变异则与较轻表型相关，患者语言能力较好，脑 MRI 异常较少。RNA-seq 显示，RNU4-2 变异导致特异性的可变 5' 剪接位点（5'SS）使用异常，且异常剪接模式与变异位置和临床严重程度相关。此外，DNA 甲基化分析发现了 RNU4-2 相关的表观特征（episignature），可有效区分患者与健康对照，并与表型 severity 关联。
研究在 RNU5B-1 和 RNU5A-1 基因中分别发现 21 例和少数病例的新生变异，其中 RNU5B-1 变异主要聚集于 U5 的 5' 环 I 区域，与 NDD 及多种先天畸形相关，如心脏异常、眼部异常等。RNU5A-1 变异也与 NDD 和肢体畸形相关。RNA-seq 显示，RNU5B-1 变异的剪接缺陷具有 variant-specific 特征，影响 5'SS 或 3'SS 的使用，而 RNU5A-1 变异可能同时影响 5'SS 和 3'SS。
亲本来源分析表明，RNU4-2 和 RNU5B-1 的致病性变异主要来源于母系等位基因，提示父系生殖细胞可能对严重剪接缺陷变异存在负选择。结构分析显示，RNU4-2 变异可能通过破坏 U4/U6 双链结构，影响 5'SS 在剪接体活性位点的正确定位，而 U5 的 5' 环 I 变异则可能干扰外显子对齐和剪接催化的精确性。
本研究首次明确 RNU5B-1 为 NDD 致病基因，并提示 RNU5A-1 为强候选基因，拓展了对 snRNA 基因在 NDD 中作用的认知。研究揭示了 snRNA 新生变异通过剪接缺陷和表观调控异常导致 NDD 的机制，为这类疾病提供了新的诊断标志物（如 5'SS 剪接特征和 DNA 甲基化签名）。此外，研究强调了基因组测序在检测 snRNA 基因变异中的必要性，因其常被外显子组测序遗漏。这些发现不仅丰富了剪接体病的分子谱，也为开发基于剪接调控的治疗策略奠定了基础，对 NDD 的精准诊断和靶向治疗具有重要临床意义。
